被人类用基因技术克隆出来的最强宠物小精灵超梦（市村正亲 配音）带着对自我身份的疑惑()和对()人类强大的愤怒逃离了科()研所，它宣布要对制造出自己的人()类进行()复仇。　　已经得到了八个勋章的小智（松本()梨香 配音），以成为宠物小精灵训练大师为目标而不断的旅()行，他带着皮卡()丘（大谷育江 配音）和同伴小()霞（饭冢雅弓() 配音）小刚()（上田佑司 配音）刚()结束了和训练家的对战，接着收到了()一封神秘人的邀请函，邀请他们参加世上最强的小精灵训练家的宴会。地点是新岛宠物小精灵城，这是最强训练家的邀()请。他们很痛快的答应了，小智一行人穿过了狂风暴雨的海岸终于到达了新岛。一位叫()乔伊的医生带()领他们来到了宠物小精灵城，介绍最强的宠()物小精灵训练家出场。没想到出现在大家面前的竟然是超梦。超梦的报复究竟是什么呢，一场大战即将开始......